在中国，随着残疾人权益保障意识的提升，越来越多的肢体残疾人希望通过加装操纵辅助装置，实现驾驶小微型自动挡载客汽车的愿望。然而，这一过程涉及到车辆的改装以及相关部门的备案审批，确保整个流程得到妥善处理至关重要。以下是确保小微型自动挡载客汽车加装肢体残疾人操纵辅助装置的变更备案得到妥善处理的步骤和建议：

1. 了解相关法律法规：首先，车主需要了解《中华人民共和国道路交通安全法》以及《机动车登记规定》等相关法律法规，确保改装和备案过程合法合规。

2. 选择正规厂家：选择具有资质的厂家进行操纵辅助装置的加装，确保装置的安全性和稳定性。正规厂家通常会提供符合国家标准的装置，并能提供专业的安装和后续维护服务。

3. 安装前的评估：在安装前，应由专业的医疗机构或机构指定的专业人员对残疾人的身体状况进行评估，确保所选装置适合其身体条件，并能确保驾驶安全。

4. 安装过程监督：在安装过程中，车主或其代理人应在场监督，确保装置按照厂家的指导手册和国家标准进行安装。

5. 安装后检验：安装完成后，应由具有资质的检验机构对车辆进行检验，确保操纵辅助装置的安装没有影响到车辆的原有性能，且装置本身符合国家标准。

6. 提交备案材料：车主应准备好相关材料，包括车辆行驶证、驾驶证、医疗机构出具的身体状况评估报告、操纵辅助装置的合格证明和检验报告等，向当地车辆管理所提交变更备案申请。

7. 办理变更备案：在车辆管理所，工作人员会对提交的材料进行审核，并可能要求车主对车辆进行现场检验。通过审核后，车辆管理所会为车辆办理变更备案手续，并在行驶证上予以记录。

8. 定期检查和维护：加装了操纵辅助装置的车辆，应定期到厂家或有资质的维修点进行检查和维护，确保装置的正常运行和驾驶安全。

9. 遵守驾驶规定：车主在驾驶加装了操纵辅助装置的车辆时，应严格遵守交通法规，确保行车安全。

通过以上步骤，可以确保小微型自动挡载客汽车加装肢体残疾人操纵辅助装置的变更备案得到妥善处理。这不仅有助于保障残疾人的出行权利，也有助于提升社会的整体包容性和安全性。